Nommé à Alger en 1946, Jacques Peyréga part bientôt en mission au Cambodge, encore colonie française. Il doit y avoir séjourné entre 1950 et 1953, mais ces dates sont incertaines. Il crée et dirige, à Pnom Penh, l’Institut d’Etudes Politiques, qui fut le premier institut universitaire du Cambodge.